ChIP（chromatin immunoprecipitation assay, 染色質(zhì)免疫共沉淀）是研究體內(nèi)DNA與蛋白結(jié)合的重要技術(shù)，主要包括ChIP-qPCR和ChIP-seq兩種；其中ChIP-qPCR用來驗證與目標(biāo)蛋白結(jié)合的已知DNA片段，ChIP-seq用來篩選與目標(biāo)蛋白結(jié)合的未知DNA片段。
先用甲醛交聯(lián)細(xì)胞內(nèi)“蛋白-DNA”復(fù)合物，并用超聲波破碎DNA至適合的長度。細(xì)胞裂解后，孵育結(jié)合了抗體的珠子，誘餌蛋白通過其抗體便結(jié)合到了Beads上，同時和誘餌蛋白互作的DNA，也一起沉淀到Beads上。洗滌掉未結(jié)合的DNA后，再用洗脫液將DNA-蛋白復(fù)合物從Beads洗脫下來，便得到染色質(zhì)免疫共沉淀產(chǎn)物。DNA-蛋白復(fù)合物去交聯(lián)后，既可qPCR檢測已知DNA片段，也可用二代測序與蛋白互作的DNA片段。
當(dāng)沒有合適的誘餌蛋白抗體時，可以通過表達(dá)融合了flag標(biāo)簽的誘餌蛋白，利用flag標(biāo)簽做免疫沉淀。即細(xì)胞過表達(dá)Flag-Bait，經(jīng)裂解后與anti-Flag珠子孵育，誘餌融合蛋白與Beads結(jié)合，與誘餌融合蛋白互作的DNA“共沉淀”到Beads上，再經(jīng)洗滌、洗脫后做qPCR或NGS測序。
服務(wù)內(nèi)容