結(jié)合了抗體的磁珠或樹(shù)脂(Beads)與樣本裂解液孵育,通過(guò)”抗原-抗體“之間的免疫作用,誘餌蛋白被吸附在Beads上,與此同時(shí),誘餌蛋白的互作蛋白,也一起“共沉淀”到Beads上。洗滌去掉未結(jié)合的蛋白后,再用洗脫緩沖液將互作蛋白復(fù)合物從Beads上洗脫下來(lái),得到免疫共沉淀(Co-IP)產(chǎn)物。Co-IP產(chǎn)物既可以用Western Blot檢測(cè)已知蛋白,也可以用質(zhì)譜鑒定未知蛋白。
當(dāng)沒(méi)有合適的誘餌蛋白抗體時(shí),還可以通過(guò)表達(dá)融合了Flag標(biāo)簽的誘餌蛋白,利用Flag標(biāo)簽抗體做免疫沉淀。即樣本過(guò)表達(dá)Flag-Bait,經(jīng)裂解后與anti-Flag珠子孵育,誘餌融合蛋白與Beads結(jié)合,其互作蛋白“共沉淀”到Beads上,再經(jīng)洗滌、洗脫后,用WB或質(zhì)譜檢測(cè)。